راکتورهای محرک مغناطیسی از یک سیستم آب بندی کوپلینگ مغناطیسی در طراحی راکتورهای معمولی استفاده می کنند. ساختار اصلی آنها شامل شش جزء اصلی است که برای اطمینان از عملکرد بدون نشتی با هم کار می کنند:
مخزن راکتور: به عنوان محفظه واکنش تحمل کننده فشار عمل می کند. مواد بر اساس الزامات فرآیند انتخاب می شوند - مانند فولاد ضد زنگ (304، 316L)، آلیاژهای تیتانیوم، Hastelloy یا پوشش شیشه ای - با دیواره داخلی صیقلی (زبری Ra کمتر یا مساوی 0.4 میکرومتر) برای جلوگیری از تجمع باقی مانده و تسهیل تمیز کردن. حجم استاندارد از 0.01 مترمکعب تا 50 مترمکعب است، با گزینه‌هایی برای واحدهای سفارشی و با ظرفیت فوق‌العاده بزرگ.
سیستم محرک مغناطیسی: یک جزء اصلی متشکل از یک مجموعه آهنربای داخلی، یک مجموعه آهنربای بیرونی و یک آستین جداسازی:
مجموعه آهنربای داخلی: در بالای شفت همزن داخلی نصب شده است. از آهنرباهای NdFeB (نئودیمیم-آهن-بور) با استحکام بالا (محصول انرژی مغناطیسی بزرگتر یا مساوی 45 MGOe) که در یک غلاف محافظ مقاوم در برابر خوردگی (مانند آلیاژ تیتانیوم یا PTFE) قرار گرفته اند، برای جلوگیری از تماس مستقیم با محیط واکنش استفاده می کند.
مجموعه آهنربا بیرونی: متصل به موتور. چرخش مجموعه آهنربای داخلی را از طریق نیروی مغناطیسی هدایت می کند. برای اطمینان از انتقال پایدار گشتاور، تعداد آهنرباها با مجموعه داخلی مطابقت دارد.
غلاف جداسازی: یک جزء مهم آب بندی که بین مجموعه آهنربای داخلی و خارجی قرار گرفته است. به موادی نیاز دارد که هم استحکام و هم مقاومت در برابر خوردگی بالایی داشته باشند (معمولاً Hastelloy C276 یا آلیاژ تیتانیوم TA2). ضخامت آن توسط فشار طراحی (معمولاً 3-8 میلی متر) تعیین می شود تا اطمینان حاصل شود که می تواند فشار داخلی ظرف را تحمل کند و در عین حال به شار مغناطیسی اجازه عبور می دهد.
سیستم همزن: شامل محور همزن و پروانه است. شفت به طور سفت و سخت به مجموعه آهنربای داخلی متصل است و از همان ماده بدنه کشتی ساخته شده است. انواع پروانه بر اساس نیازهای واکنش انتخاب می شوند - مانند نوع پروانه (برای محیط های با ویسکوزیته کم)، نوع لنگر (برای محیط های با ویسکوزیته بالا)، یا نوع توربین (برای واکنش هایی که نیاز به نیروی برشی بالا دارند). برخی از واحدها دارای پروانه های دولایه برای دستیابی به اختلاط چند ناحیه ای هستند.
سیستم تبادل حرارتی: از پیکربندی‌های مبادله حرارتی روکش دار، سیم پیچ داخلی یا نیم لوله خارجی استفاده می‌کند. برای دستیابی به کنترل دقیق دمای واکنش، رسانه‌های تبادل حرارتی مانند بخار، روغن حرارتی، آب سرد یا آب نمک سرد به گردش در می‌آیند. برخی از واحدهای پیشرفته مجهز به سیستم‌های کنترل دما هستند که سرعت جریان محیط تبادل حرارت را در زمان واقعی نظارت و به طور خودکار تنظیم می‌کنند. سیستم های ورودی و خروجی: ورودی مجهز به شیر چک و فیلتر برای جلوگیری از برگشت و ورود ناخالصی ها می باشد. خروجی دارای طراحی تخلیه پایین یا جانبی با دریچه باز شدن سریع است که تخلیه سریع بدون باقیمانده را تضمین می کند. مدل‌های خاصی را می‌توان با یک پورت نمونه‌گیری درون خطی نصب کرد تا نمونه‌برداری بدون نشتی در طول فرآیند واکنش را امکان‌پذیر کند.
سیستم های کنترلی: این سیستم ها شامل کنترل دما (از طریق ترموکوپل ها یا دماسنج های مقاومتی پلاتینیوم)، کنترل فشار (با استفاده از فشارسنج ها و شیرهای ایمنی) و کنترل سرعت چرخشی (موتور با فرکانس متغیر برای تنظیم سرعت هم زدن در محدوده 50 تا 1500 دور در دقیقه) است. مدل‌های پیشرفته را می‌توان به سیستم کنترل PLC مجهز کرد تا عملکرد کاملاً خودکار و نظارت از راه دور را امکان‌پذیر کند.